Das Netzwerk Wasserforschung Baden-Württemberg wird durch ein Board koordiniert, das sich aus dem Sprecher des Netzwerks sowie drei weiteren Vertreterinnen und Vertretern von baden-württembergischen Hochschulen zusammensetzt.
Das Board wird durch den Erweiterten Beirat, in dem alle Mitgliedsinstitutionen vertreten sind, beraten. Der Erweiterte Beirat gibt Empfehlungen und nimmt Stellung zur inhaltlichen und strukturellen Entwicklung des Netzwerks.
Für die Koordination der Aktivitäten des Netzwerks wurde eine Geschäftsstelle eingerichtet, die am Karlsruher Institut für Technologie angesiedelt ist.
